La Clínica Médica San Lucas opera bajo el marco legal de la Asociación San Lucas Lempira, una organización sin fines de lucro cuyos objetivos son servir y ayudar a las personas de bajos ingresos en la zona del occidente de Honduras. La Asociación San Lucas Lempira tiene 5 principal programas:
Programa de Salud de la Comunidad donde se desarrollan pequeños proyectos entre los cuales estan: letrinas y la recolección de pilas de agua, capacitacion a personal comunitario, capacitacion en el area dental a niños de las escuelas, atención médica y dental a los niños escolares y a las mujeres embarazadas,fondos basicos de medicamentos en las zonas remotas y atencion medico y dental a los privados de libertad del Centro Penal de Gracias.
Promoción y Gestión de las Brigadas Médicas de los Estados Unidos. Estas brigadas vienen a la Clínica San Lucas en los meses de octubre-noviembre y enero y febrero.
Programa de Desarrollo Económico, que proporciona los recursos básicos para la creación de microempresas entre las familias más pobres del departamento de Lempira.
La Clínica San Lucas es una organización cristiana medico y misionera con valores definidos del Evangelio de Jesucristo. Coordina actividades y desarrolla proyectos con las iglesias evangélicas entre ellos: Entrenamiento misionero, capacitacion de pastores de nuevas iglesias y apoyo a las existentes.